高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計指引是為指導(dǎo)和規(guī)范注冊會計師執(zhí)行高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計業(yè)務(wù)，明確工作要求，保證執(zhí)業(yè)質(zhì)量，滿足高新技術(shù)企業(yè)認定管理工作的需要所制定的指引。

高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關(guān)部門申請進行高新技術(shù)企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經(jīng)營不滿三年的按實際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和近一個會計年度的高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

如果申報企業(yè)近三個會計年度的財務(wù)報表(含資產(chǎn)負債表、損益表、現(xiàn)金流量表，實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限)未經(jīng)會計師事務(wù)所審計，應(yīng)同時委托進行財務(wù)報表審計。

此外有以下情況的，都需要進行高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計：

①凡擬向有關(guān)部門申請進行高新技術(shù)企業(yè)認定的企業(yè)，均需要進行高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計。

②由于高新技術(shù)企業(yè)資格自頒發(fā)證書之日起有效期為三年，期滿前三個月內(nèi)企業(yè)應(yīng)提出復(fù)審申請，不提出復(fù)審申請或復(fù)審不合格的，其高新技術(shù)企業(yè)資格到期自動失效。

所以凡擬向有關(guān)部門申請進行高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審的企業(yè)，均需要進行高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計。